Monument archi-connu, la Collégiale que nous voyons aujourd’hui est essentiellement un édifice du XIIIe siècle. Le nom de Robert de Mortain, sous l’impulsion duquel une première église en pierre fut bâtie deux siècles plus tôt, en est indissociable.
Demi-frère de Guillaume le Conquérant par sa mère, le Comte Robert de Mortain (1030/32 – 1103) doit notamment sa fortune à sa participation dans les conquêtes de son demi-frère. C’est parce qu’il a la pleine confiance de ce dernier qu’il obtient la direction du comté de Mortain, zone stratégique pour les Normands puisque limitrophe du duché de Bretagne.
On retrouve les traces de Robert aujourd’hui encore dans l’architecture de la ville.
Installées dans le chœur de la Collégiale se trouvent des stalles, dont 24, très anciennes, sont classées au titre des monuments historiques. Celles-ci datent d’entre 1480 et 1519.
Le buffet de l’orgue date d’environ 1730. Déjà, l’existence d’un orgue à la Collégiale est attestée autour de 1520. Dans un article très documenté paru en 1942, le chanoine Yves Delaporte, qui était originaire de Mortain, fait allusion à plusieurs devis de réparation datant de cette période. Il n’a pas trouvé de document attestant de la confection de l’orgue actuel, qu’il a daté en le comparant à celui de l’église St Etienne de Caen. Buffet (c’est-à-dire la menuiserie) et tuyauterie (c’est-à-dire la partie musicale de l’instrument), sont de la même époque.
Le buffet est classé monument historique.